Idealmente você não precisará escolher um motor de busca. Se você não estiver muito familiarizado com o MySQL, esse é certamente o caminho mais seguro. Deixe o aplicativo fazer a sua escolha e se você estiver escrevendo o aplicativo, use o mecanismo padrão até ficar mais confortável com suas opções.
Se você tem um administrador de banco de dados, faça o que ele diz. Eles são pessoas inteligentes, eles sabem o que estão falando.
Os dois motores de banco de dados (Motor de Busca) mais usados com o MySQL são: MyISAM e InnoDB. O mecanismo de banco de dados padrão para MySQL versão 5.1 e anterior é MyISAM, enquanto InnoDB é o mecanismo de banco de dados padrão começando com MySQL versão 5.5.
MyISAM
Porque MyISAM tem sido o padrão em MySQL por um tempo é a escolha mais compatível dos dois motores principais. Determinados tipos de pesquisas (Motor de Busca) têm melhor desempenho em MyISAM do que em InnoDB. Apenas porque é o mais velho dos dois não significa, que não pode ser o melhor para um determinado tipo de aplicação.
InnoDB
O InnoDB é mais tolerante a falhas do que o MyISAM e lida com falhas e recuperação com uma chance muito menor de corrupção de banco de dados. Isto é uma coisa boa.
O principal problema com InnoDB é que, para um melhor desempenho, é necessário um monte de ajustes para o seu ambiente e padrões de acesso. Se você tem um DBA que não tem nenhum problema, mas se você é um desenvolvedor que só quer um banco de dados em funcionamento para um servidor de teste que você provavelmente não vai querer lidar com mecanismo (Motor de Busca) InnoDB.
É possível que você esteja executando um aplicativo que requer o InnoDB e, se estiver usando o MySQL 5.1 ou anterior, talvez não existam configurações no arquivo de configuração my.cnf. Isso pode ser um problema se você estiver executando em um servidor que não tem uma abundância de memória.
Conclusão:
Determinados aplicativos podem ser úteis rodando com MySAM e outros com InnoDB, portanto, consulte sempre um especialista, para determinar qual você deve usar. Claro se você não puder decidir sozinho. Compre um VPS mais barato!
